Магнитогорская государственная консерватория (академия) им. М.И. Глинки является многопрофильным, многоуровневым вузом-комплексом, осуществляющим образовательную деятельность по программам высшего профессионального, среднего профессионального, общего и дополнительного образования в области искусств, соответственно в следующих структурных подразделениях Консерватории:

• Консерватория (вуз);
• Музыкальный колледж;
• Хореографическое училище;
• Музыкальная школа-лицей.

Центральным организационным звеном консерватории, обеспечивающим подготовку студентов и аспирантов по нескольким родственным специальностям, является факультет.

В настоящее время в МаГК три факультета:

• Музыковедческо-исполнительский факультет;
• Факультет Хореографического искусства и Музыкального образования;
• Театральный факультет.

Основной структурной единицей в составе факультета, осуществляющей учебную, научную, методическую, творческую и воспитательную деятельность, является кафедра.

Кафедра объединяет профессорско-преподавательский состав,  научный, учебно-вспомогательный персонал всех трех ступеней для реализации соответствующих профессиональных образовательных программ.

МаГК имеет в своем составе 16 кафедр, в том числе:

• Кафедра специального фортепиано
• Кафедра концертмейстерского мастерства и камерного ансамбля
• Кафедра оркестровых струнных инструментов
• Кафедра оркестровых духовых и ударных инструментов
• Кафедра оркестровых народных инструментов
• Кафедра академического пения
• Кафедра дирижирования
• Кафедра истории и теории музыки
• Кафедра истории и теории исполнительского искусства
• Кафедра музыкального искусства эстрады
• Кафедра актерского искусства
• Кафедра хореографического искусства (Хореографическое училище)
• Кафедра музыкального образования
• Кафедра фортепиано
• Кафедра философии, культурологии и социально-гуманитарных дисциплин

В музыкальном колледже и в школе-лицее такими организационными звеньями являются соответственно отделения и предметно-цикловые комиссии (фортепианное, оркестровых струнных инструментов,  оркестровых духовых и ударных инструментов, народных инструментов, вокальное, хорового дирижирования, музыкального искусства эстрады, теоретическое).

Отражая структуру Консерватории в целом, структура кафедр включает в себя три подразделения:

• Головная кафедра (вуз) – заведующий кафедрой
• Отделение кафедры по работе в колледже – зав. отделением по колледжу
• Цикловая комиссия кафедры по работе в лицее – зав. цикловой комиссией по лицею.

Преимуществом такой структуры кафедр является возможность проследить динамику профессионального роста будущего музыканта на всех этапах его развития; целенаправленно управлять этим процессом, осуществляя методическое руководство средним и начальным звеньями профессионального образования, формируя сквозные учебные планы и программы, исключающие дублирование материала в разных звеньях, предполагающие преемственность в обучении; повышать качество обучения через практику кураторства преподавателями вуза отдельных учащихся и целых классов и курсов начальной и средней ступеней образовательного комплекса, а также через систему экзаменационных требований итоговых и приемных испытаний на стыках звеньев и т. д.

C 1996 года в вузе функционирует аспирантура по научной специальности 17.00.02 Музыкальное искусство (приказ Госкомвуза России № 812 от 05.05.96 г.)

В 2000 году Приказом Министерства образования Российской Федерации (№ 2401 от 04.08.2000 г.) в МаГК открыта докторантура по научной специальности 17.00.02 Музыкальное искусство.

В Консерватории действует Объединенный Специализированный совет по защите диссертаций на соискание ученой степени кандидата искусствоведения.

Важное место в структуре Консерватории занимают учебно-творческие коллективы, на базе которых проходит подготовка специалистов, где студентам предоставляется возможность получить практические навыки будущей профессии:

• Студенческий симфонический оркестр (руководитель — Э.В. Нам);
• Студенческий оркестр русских народных инструментов (руководитель — заслуженный артист РФ, доцент С.А. Брык);
• Студенческий духовой оркестр (руководитель — преподаватель И.Э. Валиев);
• Смешанный хор консерватории (руководитель — профессор Е.А. Кравченко);
• Женский хор (руководитель: С.В. Федотова);
• Джазовый оркестр (руководитель — преподаватель С. Мазурок);
• Симфонический оркестр учащихся лицея  (руководитель — заслуженный артист РФ, профессор МаГК В.С. Васькевич);
• Народный оркестр лицея  (руководитель — преподаватель С.А. Клименков);
• Хор мальчиков «Соловушки Магнитки» (руководитель — преподаватель В.В. Кожевникова);
• Детские хоры старших и младших классов лицея (руководители: преподаватели Н.С. Силагина, С.С. Малюкова)
• Джазовый ансамбль студентов колледжа (руководитель — преподаватель П.В. Трофимов).

В Консерватории действуют следующие учебно-вспомогательные отделы:

• Библиотека (2 абонементных отдела) с читальным залом;
  • фонотека
• Лаборатория звукозаписи;
• Лаборатория учебного телевидения;
• Компьютерный центр с выходом в Интернет;
• Региональный центр научно-методической информации, переподготовки и повышения квалификации специалистов художественного образования;
• Сектор производственной практики;
• Концертный отдел;
• Отдел информационных технологий;
• Отдел лицензирования, аккредитации и качества образования;
• Редакционно-издательский отдел;
• Отделение иностранных студентов.

Административно-управленческие подразделения Консерватории обеспечивают выработку стратегии и тактики развития МаГК, оперативное управление всеми сферами ее деятельности: организацией учебно-творческого процесса, ведением хозяйственной и финансовой деятельности, делопроизводством.

Содержание учебных зданий и студенческого городка, текущий ремонт оборудования, выполнение снабженческих функций обеспечивают следующие производственно-хозяйственные службы:

• хозяйственная служба Консерватории;
• хозяйственная служба студенческого городка;
• отдел по социальным вопросам.

В организационную структуру Магнитогорской государственной консерватории также входят:

• Большой концертный зал им. С.Г. Эйдинова на 432 п. м.;
• Камерный зал на 114 п. м.;
• Зал искусств на 74 п. м.;
• Музей музыкальной культуры;
• Мастерская по изготовлению музыкальных инструментов;
• Мастерская по настройке и ремонту музыкальных инструментов;
• Столовая;
• Студенческий городок «Солнечный».